飛蚊症の原因の多くは「加齢」です。加齢に伴って、硝子体のゼリー状の部分は溶けて萎縮します。それにより網膜と硝子体との間に隙間ができます（後部硝子体剥離：こうぶしょうしたいはくり）。これが起こると、飛蚊症の症状が現れやすくなります。
老化という自然現象によって生じるため、特に心配する必要はありません。しかし、これによって網膜裂孔や網膜剥離を引き起こす恐れもあるため、気をつけなくてはいけません。

特に気を付けなければならないのは「病的飛蚊症」です。
網膜裂孔（網膜に孔があく疾患）や網膜剥離（網膜が眼底から剥がれる疾患）をはじめ、眼底出血やぶどう膜炎などといった、失明リスクの高い眼科疾患によって硝子体が濁り飛蚊症になるケースもあります。その場合は精密眼底検査を受けなくてはなりません。
また、外傷や生活習慣病（高血圧、糖尿病など）によって硝子体出血が起こった結果、飛蚊症が現れることもあります。
硝子体出血を発症すると、主に「墨を流したような影が見える」「視界が霧がかかって見える（霧視：むし）」といった症状がみられます。ただし軽度のうちですと、飛蚊症みたいな症状がみられることもあります。

飛蚊症は支障がない「生理的飛蚊症」と、目の病気として発症する「病的飛蚊症」がありますが、その違いを見分けるために眼底検査を行い眼底の隅々まで調べます。
検査する際に、散瞳剤を目に付け瞳孔を開かせます。検査時間は数分間で終わりますが。瞳孔が開くのに30分前後かかります。
検査後は瞳孔が元に戻るまで6時間前後かかりますので、ピントがぼやけたり、光がまぶしく感じることがあります。
検査後は車やバイクを運転しないようにしましょう。